データセットに読み込んだデータに対し、下記のようにして移動平均の遅れを解消したグラフを描画することが出来ました。
一度配列として読み込んだデータをスライスして、不要な部分にNAを代入することで、グラフの対応関係も適切になります。
y1 <- Dataset[,2]
l = length(y1)
y2 <- SMA(y1, 5)
y2 <- y2[5:length(y2)]
y2[(l - 5 + 1):l] = NA
plot(y1, type="b", col="red")
par(new=T)
plot(y2, type="b", col="blue")